خویگان علیا، روستایی از توابع بخش مرکزی شهرستان فریدون‌شهر در استان اصفهان است. این روستا تا چندی پیش ارمنی‌نشین بود و بزرگترین روستای ارمنی‌نشین ایران به حساب می‌آمد ولی با توجه به مهاجرت ارامنه، اکنون فقط شش خانواده دو نفره ارمنی در آن زندگی می‌کنند. این تنها روستایی است در ایران که سه کلیسا دارد. یکی از این سه کلیسا به نام کلیسای حضرت یوحنا، به عنوان اثری تاریخی از دوره صفویه در سال ۱۳۸۶ به ثبت ملی رسیده است.
